Nach dem Niedergang des Großfeldhandballs, bei dem die Zwenkauer noch ein gewichtiges Wort bei der Vergabe von Meisterschaften mitreden konnten, folgte durch eine fehlende Trainings- und Spielhalle in Zwenkau zunächst eine dramatische Abwärtsentwicklung des Zwenkauer Handballs. Mit dem allgemeinen Aufschwung nach der Gründung der SG Germania Zwenkau, die am 20. März 1996 vollzogen wurde, und dem Bau der Stadthalle im Jahr 1998, waren fortan die Voraussetzungen für eine bessere sportliche Entwicklung gegeben.

​

So konnte in der Spielzeit 2000/01 nach unzähligen Versuchen der Aufstieg nach zwei Relegationsspielen gegen die HSG Rückmarsdorf II in die Bezirksklasse erreicht werden. Für die Mannschaft von Hans-Henning Müller war der Bezirksmaßstab aber nur ein Zwischenspiel bis zum Aufstieg in die Verbandsliga West im Jahr 2003/04. Immerhin 10 Jahre erwies sich Germania Zwenkau als stabiler Faktor in dieser Spielklasse und erreichte bei 274:158 Punkten und 5765:5276 Toren bis auf eine Ausnahme Plätze im oberen Teil der Tabelle.

​

Mit der Saison 2012/13 wurde durch die Verpflichtung von Stefan Remane als verantwortlichen Trainer und dem Zugang von drei Spielern aus der Mitteldeutschen Oberliga seit langem wieder nicht nur hinter vorgehaltener Hand von Aufstieg gesprochen. Dieser konnte auch durch weitere Zugänge aus höherklassigen Ligen nach einem spannenden Saisonverlauf mit einem klassischen Endspiel bei der SG DHfK Leipzig / NHV Delitzsch II in der Spielzeit 2013/14 realisiert werden.

​

Nach Einstimmigkeit bei der Abstimmung des erweiterten Vorstandes wurde im Mai 2014 eine Kooperationsvereinbarung mit dem Zweitbundesligisten SC DHfK Leipzig unterzeichnet. Diese sieht unter anderem vor, dass A-Jugendliche des Bundesligakaders ein Zweitspielrecht bei Germania Zwenkau erhalten. Bereits die Vorbereitungsphase der nun unter SG Leipzig-Zwenkau startenden Mannschaft für die kommende Spielzeit hat gezeigt, dass sich das für Zwenkau neue Modell gut bewährt.